臭氧發生器消毒滅菌的時間，按環境衛生指標中的菌落數要求，通過驗證檢查細菌數來確定，然后設置定時開機即可。在消毒的頻次上，由于臭氧滅菌和臭氧還原可在2小時內完成，而化學藥劑熏蒸與置換需較長時間，這樣可以將化學藥劑的定期消毒改為每班當天用臭氧消毒一次，即每天班前提前2小時，將風機泵和臭氧發生器開啟，臭氧氣體被均勻地輸送擴散到空間中，進行微生物殺滅和分解異味等作用。
　　
　　利用空調送風系統的循環風作為臭氧的載體，即將空氣消毒臭氧發生器生產的臭氧氣體由空調系統中新風機產生的壓力風源，輸送和擴散至所控制的整個區域，并且可使空氣中的臭氧濃度分布均勻。在空間環境中不用增加任何消毒措施，即可達到滅菌的目的;同時對空調系統的送風管道起到殺滅雜菌和霉菌的效果;實踐發現該消毒滅菌方式還能對過濾器起到溶菌疏導作用，延長其使用壽命。安裝在空調送風系統主管道中，只需在斡旋風機口接上輸氣管，新風系統工作時斡旋風機高速旋轉產生強大的負壓氣流，通過負壓將臭氧帶入風道與新風進行混合再輸送到各個消毒空間中。