焚燒秸稈主要有以下幾點危害：
①污染空氣環境，危害人體健康。有數據表明，焚燒秸稈時，大氣中二氧化硫、二氧化氮、可吸入顆粒物三項污染指數達到高峰值，其中二氧化硫的濃度比平時高出1倍，二氧化氮、可吸入顆粒物的濃度比平時高出3倍，相當于日均濃度的五級水平。當可吸入顆粒物濃度達到一定程度時，對人的眼睛、鼻子和咽喉含有黏膜的部分刺激較大，輕則造成咳嗽、胸悶、流淚，嚴重時可能導致支氣管炎發生。
②引發火災，威脅群眾的生命財產安全。秸稈焚燒，極易引燃周圍的易燃物，尤其是在村莊附近，一旦引發火災，后果將不堪設想。
③引發交通事故，影響道路交通和航空安全。露天焚燒秸稈帶來的一個最突出的問題就是焚燒過程中產生滾滾濃煙，直接影響民航、鐵路、高速公路的正常運營，對交通安全構成潛在威脅。機場每逢農作物收割季節都深受秸稈露天焚燒的危害，有時機場能見度低于400米，嚴重影響機場航班正常起飛和降落，航空公司及旅客對此反映強烈，一旦導致事故，將造成極為不良的社會影響，農作物秸稈可以經過秸稈顆粒機、秸稈壓塊機壓制成生物質成型顆粒燃料，這樣不僅可以做到農作物秸稈的綜合利用，而且還可以使老百姓增加收入。
④破壞土壤結構，造成耕地質量下降。影響作物對土壤養分的充分吸收，直接影響農田作物的產量和質量，影響農業收益。在農田焚燒稻草稈焚燒秸稈使地面溫度急劇升高，能直接燒死、燙死土壤中的有益微生物，會使土壤的自然肥力和保水性能大大下降，土壤水分損失65％—80％，板結不耐旱。
⑤焚燒秸稈所形成的滾滾煙霧、片片焦土，對一個地區的環境形象是最大的破壞。